هل انتهت حكاية الشينوبي بانتهاء عهد ناروتو؟ في مانجا بوروتو، ننتقل إلى حقبة جديدة تماماً بعد مرور سنوات على نهاية الحرب العظمى الرابعة. لقد تحقق السلام الذي طالما حلم به ناروتو أوزوماكي، وأصبح هو الهوكاغي السابع الذي يقود قرية كونوها نحو الحداثة والازدهار. لكن في ظل هذا الاستقرار، تبرز قصة بوروتو، ابن ناروتو، الذي يسعى لرسم طريقه الخاص بعيداً عن ظل والده العظيم.

تبدأ أحداث القصة بمسار مشابه لأحداث الفيلم الشهير، حيث تظهر التحديات الجديدة التي تواجه الجيل القادم من النينجا. بوروتو، بموهبته الفطرية وتمرده على القواعد، يجد نفسه في مواجهة تهديدات كونية تتجاوز حدود القرى الخمس، ليكتشف أن عالم الشينوبي ليس مجرد تقنيات جوتسو، بل هو إرادة تُورث وصراع أزلي لا ينتهي